RNA subgenómico como marcador subrogado de la viabilidad viral

Las técnicas de PCR (Reacción de Cadena de la Polimerasa) en el diagnóstico microbiológico de las infecciones víricas permiten detectar con una elevada sensibilidad la presencia de material genético de los virus en una muestra, pero no permite conocer la viabilidad de los mismos. Este escenario es aún más complejo en el caso de los pacientes inmunocomprometidos: no reciben tratamiento antineoplásico hasta tener una PCR negativa, en pacientes trasplantados se reduce el tratamiento inmunodepresor aumentando el riesgo de rechazo y en otro tipo de pacientes con tratamiento inmunomodulador mediante corticoides se cancelan tratamientos paralelos y/o intervenciones quirúrgicas. Por otro lado, tienen mayor riesgo de no controlar la infección y mantener una replicación viral constante siendo una fuente para la selección de virus con mutaciones que reducen la eficacia de las vacunas y los tratamientos antivirales.

En una infección activa se forman unas estructuras genómicas virales intermediarias denominadas RNA subgenómicos (RNAsg), cuya función es codificar proteínas estructurales necesarias para el ensamblaje de los nuevos viriones. La presencia de de éste RNAsg indica que el virus está en fase replicativa e infectiva. Detectar la presencia de este RNAsg podría suponer un marcador subrogado de infectividad viral.