Junio 2023 – Agosto 2023
A principios de verano recibimos la anotación de genes de los datos informáticos de la secuenciación del genoma de los pacientes del primer grupo. Como ya comentamos, nuestro primer enfoque es centrarnos en variantes genéticas localizadas en la zona codificante y con un claro efecto funcional en el gen que estén localizadas. Durante estos tres meses hemos estado estudiando y filtrando la información recibida.
Un ejemplo de resultado preliminar de este primer análisis es la identificación de una duplicación en tándem del gen LRRFIP2 en dos pacientes. Este gen es contiguo al gen MLH1, que codifica una proteína muy importante involucrada en la reparación del ADN por apareamiento erróneo. Este tipo de variante estructural pasa desapercibida con las pruebas de diagnóstico molecular estándar, como paneles o secuenciación de exomas, lo cual hace relevante la secuenciación completa del genoma. Con esta información diseñamos unos primers para poder identificar con una reacción en cadena de la polimerasa (PCR) pacientes portadores y no portadores de dicha duplicación. Este descubrimiento podría ofrecer a los familiares de estos pacientes una simple prueba de PCR para confirmar la presencia de la variante estructural, y ofrecerles un mayor seguimiento médico para la prevención del desarrollo de cáncer de colon.
De la misma manera, mediante el filtrado de los datos de secuenciación ya anotados, se han identificado variantes de un solo nucleótido en el mismo gen en tres pacientes distintos. Además, se han identificado variantes genéticas en otros genes candidatos de interés. Su validación se verá favorecida por el próximo análisis de los datos de secuenciación somática y de transcriptoma.