PCR

Consisteix replicar de manera altament específica un fragment del material genètic per milions de vegades. En el cas del diagnòstic d’infecció per SARS-CoV-2, s’han seleccionat fragments molt específics del material genètic del virus que eviten que la prova pugui confondre aquest virus amb altres. El diagnòstic a través de la PCR té certa complexitat. Per això, és necessari personal capacitat per la seva correcta realització i interpretació.

Aquesta tècnica serveix per detectar qualsevol microorganisme present les mostres dels pacients que han estat infectats. Per exemple, la detecció del SARS-CoV-2 en mostres de saliva. Al detectar material genètic del SARS-CoV-2, la prova té alta sensibilitat (molt pocs falsos negatius) i especificitat (molt pocs falsos positius).

Les característiques bàsiques per realitzar un diagnòstic a través de la PCR són les següents:  

• Presa de la mostra. En el cas de la detecció del SARS-CoV-2, la recomanació és utilitzar la mostra de frotis nasofaringi. Per a això, s’utilitza un escovilló que permet recollir mostra de la zona nasal i faríngia. En aquest frotis es recullen cèl·lules de la via aèria superior (el nas i la cavitat nasal, també la boca i l’inici de la gola) que serveixen per analitzar si està present l’ARN del virus i determinar si una persona té infecció per SARS-CoV-2 o no. Es poden utilitzar altres mostres (com saliva, esput, etc.), encara que el seu ús depèn del context en el qual es vulgui realitzar la prova (vigilància epidemiològica, pacients hospitalitzats, proves ràpides de casos positius, etc.) 
• Dins del laboratori, una vegada es rep la mostra, es posa en marxa la inactivació. Això permet manipular les mostres i evitar el risc biològic de transmissió al personal. Llavors, s’utilitzen plataformes automatitzades per analitzar la mostra. En aquestes plataformes se segueixen una sèrie de passos que comencen per l’extracció de l’ARN (material genètic) del virus. Posteriorment, es realitza la tècnica de PCR, que permet amplificar moltes còpies del fragment de l’ARN que interessa analitzar per llavors detectar-lo.  

Depèn del flux de feina de cada laboratori. La PCR pot processar-se amb equips semiautomatitzats per a l’extracció de material genètic i posteriorment amb equips de PCR a temps real (rt-PCR, de l’anglès real time PCR). En aquests casos el resultat pot estar disponible en un interval de 5 a 8 hores. D’altra banda, al mercat hi ha una àmplia varietat de plataformes automatitzades que permeten realitzar la tècnica de PCR en menys temps, ja que inclouen el pas d’extracció del material genètic amb la posterior amplificació i detecció utilitzant el mateix equip. En aquest cas, la duració de la prova pot variar entre 1 a 5 hores. Aquests temps varien en funció de la urgència de la prova, quantitat de mostres processades al laboratori, qualitat de les mostres rebudes, entre altres situacions.  

Per a la prova de PCR del SARS-CoV-2 no s’ha de realitzar cap preparació prèvia. Els frotis nasofaringis són mostres de fàcil accés i recollida. 

No existeixen contraindicacions absolutes per a la realització d’un frotis nasofaringi. No obstant això, s’ha de tenir especial cura amb els casos en els quals la persona té defectes anatòmics de la regió craniofacial, un traumatisme recent que involucri els ossos de la cara o presenti alteració de la coagulació. En aquests casos, es pot valorar obtenir un altre tipus de mostra.

La presa de frotis nasofaringi la realitza el personal sanitari, mentre que la PCR la fan professionals experts en anàlisi clínics i/o en microbiologia. 

El procediment per a la presa de frotis nasofaringi és ràpid i, en general, innocu i indolor. Malgrat això, en algunes persones el procediment pot generar sensació d’incomoditat, produir tos o esternuts i, a vegades, nàusees.