PCR

Consiste en replicar de manera altamente específica un fragmento del material genético por millones de veces. En el caso del diagnóstico de infección por& SARS-CoV-2, se han seleccionado fragmentos muy específicos del material genético del virus que evitan que la prueba pueda confundir este virus con otros. El diagnostico a través de la PCR tiene cierta complejidad. Para ello, es necesario personal capacitado para su correcta realización e interpretación.

Esta técnica sirve para detectar cualquier microorganismo presente en las muestras de los pacientes que han sido infectados. Por ejemplo, la detección del SARS-CoV-2 en muestras de saliva. Al detectar material genético del SARS-CoV-2, la prueba tiene alta sensibilidad (muy pocos falsos negativos) y especificidad (muy pocos falsos positivos).

Las características básicas para realizar un diagnóstico, a través de la PCR son las siguientes:  

• Toma de la muestra. En el caso de la detección del SARS-CoV-2, la recomendación es utilizar la muestra de frotis nasofaríngeo. Para ello, se utiliza un escobillón que permite recoger muestra de la zona nasal y faríngea. En este frotis se recogen células de la vía aérea superior (la nariz y la cavidad nasal, también la boca y el inicio de la garganta) que sirven para analizar si está presente el ARN del virus y determinar si una persona tiene infección por SARS-CoV-2 o no. Se pueden utilizar otras muestras (como saliva, esputo, etc.), aunque su uso depende del contexto en el que se quiera realizar la prueba (vigilancia epidemiológica, pacientes hospitalizados, pruebas rápidas de casos positivos, etc.). 
• Dentro del laboratorio, una vez se recibe la muestra, se pone en marcha la inactivación. Esto permite manipular las muestras y evitar el riesgo biológico de trasmisión al personal. Luego, se usan plataformas automatizadas para analizar la muestra. En estas plataformas se siguen una serie de pasos que empiezan por la extracción del ARN (material genético) del virus. Posteriormente, se realiza la técnica de PCR, que permite amplificar muchas copias del fragmento del ARN que interesa analizar para luego detectarlo. 

Depende del flujo de trabajo de cada laboratorio. La PCR puede procesarse con equipos semiautomatizados para la extracción de material genético y posteriormente con equipo de PCR a tiempo real (rt-PCR, del inglés real time PCR).  En estos casos el resultado puede estar disponible en un intervalo de 5 a 8 horas. Por otro lado, en el mercado hay una amplia variedad de plataformas automatizadas que permiten realizar la técnica de PCR en menor tiempo, ya que incluyen el paso de extracción del material genético con la posterior amplificación y detección usando el mismo equipo. En este caso la duración de la prueba puede variar entre 1 a 5 horas. Estos tiempos varían en función de la urgencia de la prueba, cantidad de muestras procesadas en el laboratorio, calidad de las muestras recibidas, entre otras situaciones. 

Para la prueba de PCR del SARS-CoV-2 no hay que realizar ninguna preparación previa. Los frotis nasofaríngeos son muestras de fácil acceso y recolección. 

No existen contraindicaciones absolutas para la realización de un frotis nasofaríngeo. Sin embargo, hay que tener especial cuidado en los casos en el que la persona tiene defectos anatómicos de la región craneofacial, un traumatismo reciente que involucre los huesos de la cara o presente alteración de la coagulación. En estos casos, se puede valorar obtener otro tipo de muestra. 

La toma de frotis nasofaríngeo la realiza el personal sanitario, mientras que la PCR la hacen profesionales expertos en análisis clínicos y/o en microbiología. 

El procedimiento para la toma del frotis nasofaríngeo es rápido y, en general, inocuo e indoloro. Sin embargo, en algunas personas el procedimiento puede generar sensación de incomodidad, producir tos o estornudos y, en ocasiones, náuseas.