RNA subgenòmic com a marcador subrogat de la viabilitat viral

Les tècniques de PCR (Reacció de Cadena de la Polimerasa) en el diagnòstic microbiològic de les infeccions víriques permeten detectar amb una elevada sensibilitat la presència de material genètic dels virus en una mostra, però no permet conèixer la viabilitat d'aquests. Aquest escenari és encara més complex en el cas dels pacients inmunocompromesos: no reben tractament antineoplàsic fins a tenir una PCR negativa, en pacients trasplantats es redueix el tractament immunodepressor augmentant el risc de rebuig i en una altra mena de pacients amb tractament immunomodulador mitjançant corticoides es cancel·len tractaments paral·lels i/o intervencions quirúrgiques. D'altra banda, tenen major risc de no controlar la infecció i mantenir una replicació viral constant sent una font per a la selecció de virus amb mutacions que redueixen l'eficàcia de les vacunes i els tractaments antivirals.

En una infecció activa es formen unes estructures genòmiques virals intermediàries denominades RNA subgenòmiques (RNAsg), la funció de la qual és codificar proteïnes estructurals necessàries per a l'assemblatge dels nous virions. La presència d'aquest RNAsg indica que el virus està en fase replicativa i infectiva. Detectar la presència d'aquest RNAsg podria suposar un marcador subrogat d'infectivitat viral.