L’acreditació dels centres de recerca com a Institutos de Investigación Sanitaria (IIS) és una iniciativa de l’ISCIII per supervisar i consolidar la tasca que fan els centres de recerca vinculats a institucions sanitàries.
L'avaluació, que es fa mitjançant una auditoria, valora, entre d'altres, com estan constituïts els IIS, la seva forma de treballar i els resultats que obtenen els grups de recerca i les unitats de suport de l'institut de recerca sanitària. S'analitza l'orientació a les necessitats de la població, la transparència, l'ètica i la bona pràctica de l'organització en totes les seves actuacions; la qualitat i rellevància científica dels resultats assolits i els canvis o les innovacions que produeixen en l'atenció sanitària que es presta.
L’IDIBAPS va ser un dels cinc primers Institutos de Investigación Sanitaria (IIS) acreditats per l’ISCIII a principis de 2009. La normativa dels IIS obliga a una avaluació periòdica, cada 5 anys, del funcionament i els resultats de l’entitat. En el cas de l'IDIBAPS, es van assolir les reacreditacions del 2014 i el 2019 i ara s'ha assolit la del 2024. La propera està prevista per al 2029.
L'IDIBAPS és un dels 35 instituts de recerca en salut acreditats.
Aquesta acreditació dona la possibilitat de presentar-se a convocatòries específiques de l’Acción Estratègica en Salud de l’ISCIII i permet aconseguir un major nombre de concessions d’ajuts de contractació de personal investigador (Río Hortega. Juan Rodés, Miguel Servet, etc) davant d’altres centres no acreditats.