L’IDIBAPS va ser un dels cinc primers Institutos de Investigación Sanitaria (IIS) acreditats per l’ISCIII a principis de 2009. A hores d’ara ja són 22 els IIS acreditats a tot l’estat Espanyol. La normativa dels IIS obliga a una avaluació periòdica, cada 5 anys, del funcionament i els resultats de l’IIS. L’IDIBAPS ha assolit satisfactòria i positivament aquesta re-acreditació, amb comentaris molt positius de l’equip avaluador.
L’acreditació dels centres de recerca com a Institutos de Investigación Sanitaria (IIS) va ser una iniciativa de l’ISCIII amb la finalitat d’estructurar de manera més adequada les activitats i els grups de recerca biomèdica d’excel·lència de l’entorn del Sistema Nacional de Salud. El requisit imprescindible per a ser acreditat com a IIS és l’existència d’un espai físic propi en el context hospitalari, destinat a la recerca, on es produeixi la integració i interacció dels grups de recerca provinents del propi hospital, de la universitat i/o d’altres centres de recerca públics o privats.