La Plataforma de Bioinformàtica ofereix suport en aquesta segona etapa, proveint diferents programes i espai físic en servidors propis als investigadors que així ho requereixin. Es realitzarà el mapatge en els genomes de referència, els controls de qualitat dels alineaments obtinguts i es durà a terme la identificació, quantificació dels transcrits i isoformes, i la normalització de les dades. Finalment, s'analitzarà l'expressió diferencial en RNA-seq. Si bé aquestes anàlisis estadístiques són diferents a les utilitzades en microarrays d'expressió, tenen les mateixes bases conceptuals i reptes similars. Per això la Plataforma de Bioinformàtica de l'IDIBAPS, amb una vasta experiència en l'anàlisi de microarrays, es troba en una situació privilegiada per adaptar-se a les noves tecnologies.
