El Dr. Gatell ha estat un dels impulsors del projecte Hivacat. Hivacat és un programa d'investigació impulsat conjuntament per IrsiCaixa i l'Hospital Clínic de Barcelona, amb la Col•laboració de Laboratoris Esteve i amb el suport de l'Obra Social "la Caixa" i dels Departaments de Salut i d'Economia de la Generalitat de Catalunya, i investiga el desenvolupament d'una potencial nova vacuna terapèutica o preventiva contra el VIH.
L'activitat investigadora del Dr. Gatell en l'àmbit de les Malalties infeccioses va començar a finals de 1982 quan es va crear el Servei de Malalties Infeccioses de l'Hospital Clínic de Barcelona i va tenir l'oportunitat de passar un període de 6 mesos a Boston com "research fellow "a la Unitat de Malalties Infeccioses del Massachusetts General Hospital (Harvard Medical School).
Durant la estada a Boston, va tenir l'oportunitat de veure els primers casos de SIDA als Estats Units. L'epidèmia de SIDA va créixer exponencialment als Estats Units i ràpidament als països d'Europa, inclosa Espanya a partir de 1986. A més, en el cas d'Espanya les 2/3 parts dels casos eren addictes a drogues per via parenteral (UDVP). Per ells, van centrar la investigació exclusivament en SIDA des de 1986 amb la intenció de continuar en aquesta línia. Ha estat el director d'un grup d'investigadores (Hospital Clínic-IDIBAPS) format per més de 40 persones i que inclou metges (viròlegs, immunòlegs, farmacèutics i especialistes en Malalties Infeccioses), biòlegs, estudiants pre i post doctorals i Tècnics de laboratori, repartits en tres laboratoris de recerca (Retrovirologia, immunopatogènesi viral i farmacocinètica) i en una unitat clínica.
La seva recerca se centra, gairebé exclusivament, en pacients amb Infeccions pel VIH-1 que tenen una infecció crònica, però en un estadi inicial de suport Malaltia. Precisament en juliol de 2017, un estudi coordinat per l'Hospital Clínic de Barcelona, i presentat pel Dr. JM Gatell, demostra que, en pacients amb VIH i alt risc cardiovascular, canviar el Tractament antiretroviral i utilitzar dolutegravir en lloc d'un inhibidor de la proteasa potenciació amb ritonavir manté la supressió viral i millora la concentració de colesterol i altres fraccions de lípids en sang. D'aquesta manera disminueix també el risc de malalties cardiovasculars.