L'epilèpsia és la malaltia neurològica més freqüent després de les cefalees. Es caracteritza per l'aparició de crisis recurrents, degudes a descàrregues excessives de grups neuronals. A Espanya, hi ha unes 400.000 persones afectades per epilèpsia. Malgrat els avenços mèdics, segueix sent una malaltia bastant desconeguda i en certa mesura estigmatitzada per la societat. Al voltant del 75% dels pacients es queden sense crisi amb els fàrmacs adequats, però en el 25% restant les crisis no es controlen.
Un dels objectius prioritaris de la Unitat és la detecció i el tractament precoç de l'epilèpsia refractària. Amb aquesta filosofia es va crear el gener del 2006 la Unitat conjunta per al tractament quirúrgic de l'epilèpsia en nens, en col·laboració estreta amb els especialistes pediàtrics de l'Hospital Sant Joan de Déu.
En total, des de l'any 2005 s'han intervingut 300 pacients, amb resultats quirúrgics superposables als dels principals centres internacionals. Cada any es realitzen diversos estudis complexos amb elèctrodes intracranials i s'estan implementant tècniques alternatives per a aquells pacients que no es poden intervenir quirúrgicament, com l'estimulació del nervi vague i properament l'estimulació cerebral profunda.